Au sein de la Clinique La Nouvelle Héloïse, la psychothérapie est privilégiée sur le plan institutionnel, individuel et groupal, et fait appel à différentes approches :
- Thérapie Cognitivo-Comportementale (TCC)
- Pleine Conscience « Mindfulness »
- Thérapie d’inspiration analytique
- Syndrôme de stress post-traumatiques (EMDR)
- Différents groupes d’Éducation Thérapeutique (patients-familles).

La clinique dispose également d'un hôpital de nuit. Plus particulièrement dédiée à des patients actifs sur le plan professionnel, ou des patients scolarisés ou en formation professionnelle, cette unité est une alternative à l'hospitalisation à temps complet, qui permet aux patients de conserver une activité le jour et de bénéficier de soins intensifs en soirée à la Clinique La Nouvelle Héloïse à partir de 17h.